В альтернативной вселенной, где события разворачиваются задолго до знакомой нам хронологии, мы встречаем юную Цугуми Харудори. Она — живое оружие, но её потенциал дремлет, ведь она никогда не пробовала трансформироваться. Её обыденная жизнь меняется, когда на её пути появляются две необычные девушки: импульсивная Аня Хепбёрн и мечтательная Меме Татанэ. Вместе они решают вступить на путь обучения, который определит их будущее.
Их дорога ведёт в особый класс «НОТ» при Академии Смерти, куда собирают уникальных пар — мастеров и оружие, — чтобы обучить их слаженной работе. Здесь, в стенах учебного заведения, ещё не царит хаос от выходок Кида, а Сид Барретт выполняет свои прямые обязанности. Даже коварная Медуза пока скрывается под личиной обычной медсестры, наблюдая за учениками. Для Цугуми это время первых открытий и испытаний.
Новый учебный год становится для трио временем испытаний и роста. Цугуми предстоит не только научиться доверять своим новым мастерам, но и впервые раскрыть свою истинную форму, преодолев внутренние барьеры. Аня и Меме, в свою очередь, должны понять, как направлять силу своего оружия. Их ждут не только учебные будни, но и первые намёки на надвигающуюся угрозу, которая проверит крепость их зарождающейся связи.